Sungai Tanjong berpunca di kawasan perhutanan berpaya di kawasan tanah pamah di Kampung Tanjung, iaitu sebuah kampung di dalam Daerah Mukah, Sarawak. Sungai ini mengalir ke arah timur untuk bercamtum dengan Batang Mukah yang mengalir terus ke Laut China Selatan sebagai penamat Sungai Tanjong. Muara bagi Sungai Tanjong terletak di kawasan perkampungan yang sama iaitu Kampung Tanjung, Daerah Mukah.[3][2]

Punca bagi Sungai Tanjong terletak di ketinggian di antara 2 dan 4 meter (6.6 dan 13.1 ka) dari atas paras laut manakala muara sungai bagi Sungai Tanjong pula terletak di ketinggian di antara 0 dan 2 meter (0.0 dan 6.6 ka) dari atas paras laut.[3][2]